多序列比对结果怎么分析，双序列比对和多序列比对

今天小编mail为大家分享的生活小常识，希望能够帮助到大家！

序列比对结果分析怎么写，序列比对结果分析这个很多人还不知道,现在让我们一起来看看吧！

1、最上面的slow或者fast选项： 这个是根据对比对结果的精度和速度平衡进行取舍的，如果比对序列较多，如1000条，当然选后者了，一般选slow就行，比对精度要高一些；gap open指起始空位罚分，gap extension指沿着gap open继续出现gap的罚分。

2、比如出现一个氨基酸的空位就是gap open，给一个罚分，紧接着这个gap还有第二个第三个氨基酸空位，这后两个就是gap extension，每一个再给一个罚分，这样因为gap（氨基酸空缺）造成的同源性下降值就是两者罚分相加。

3、一般给gap open罚分高，给gap extension罚分低，增加起始空位罚分的数值可以减少空区的数量，增加延伸空位罚分的数值可以减少插入空区的长度；后面的no end gaps选择no即表示由末尾长度不一致导致的空位不算入罚分内。

4、protein weight matrix指蛋白质权重矩阵，考虑的是同一位置中不同残基替代对序列结构与功能的不同影响，可以提高同源分析的敏感性与准确性。

5、blosum系列矩阵适合于对数据库进行同源性检索；pam系列矩阵，gonnet系列矩阵参考的数据依次要求增高。

6、大部分参数默认就好了，需要说明的是clustering，这里表示绘制tree的方法，这里是这个程序的默认方法，即 NJ tree，这种方法要求比对的序列同源性较好，如果相似性很低，就会出现长支吸引现象，影响同源性分析的准确性。

7、同源性分析是个很复杂的问题，没有人能保证100%的预测准确的。

8、 so goodluck~。

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